Une équipe internationale de chercheurs a découvert plus de 130 000 virus à ARN jusqu’alors inconnus, à l’aide d’un nouvel outil informatique qui a permis de rechercher des séquences virales dans des millions de gigaoctets des données de séquençage disponibles dans les bases de données génétiques, a-t-on annoncé mercredi.
Avec le nouvel outil, appelé Serratus, 5,7 millions d’échantillons biologiques collectés dans le monde ont été analysés au cours des 15 dernières années, a indiqué l’agence EFE.
La découverte de plus de 130 000 nouveaux virus à ARN, publié dans la revue La naturereprésente une multiplication par dix du nombre d’espèces virales à ARN décrites jusqu’à présent.
Serratus, développé par une équipe pluridisciplinaire de scientifiques, est un outil de cloud computing (nuage) qui, utilisant un groupe de 22 500 processeurs informatiques, a permis des recherches massives de séquences virales dans des millions de gigaoctets de données de séquençage disponibles dans plusieurs bases de données génétiques.
Analyse détaillée de certaines familles virales permis la découverte de plus de 30 nouvelles espèces de coronavirusy compris des exemples chez les vertébrés aquatiques, tels que les poissons et les amphibiens, dont les coronavirus avaient un génome segmenté en deux fragments, ce qui est une caractéristique décrite dans d’autres familles de virus, mais qui n’avait pas encore été détectée chez les coronavirus.
À l’Institut de biologie moléculaire et cellulaire des plantes de Valence (IBMCP), Serratus a été utilisé pour analyser le virus responsable de l’hépatite D humaine, un agent viral appelé Delta, qui possède un génome de taille minimale et d’origine inconnue.
L’analyse a permis au chercheur Marcos de la Peña Rivero de détecter des virus similaires chez de nombreux autres animaux, y compris des invertébrés.
« Étonnamment, ces virus ont également été trouvés dans des échantillons prélevés dans des lacs et des sols, partout dans le monde, et dont les hôtes seraient jusqu’à présent inconnus », a expliqué le chercheur.
La base de données de tous les virus découverts dans ce travail et l’ensemble des outils développés sont librement et ouvertement disponibles sur www.serratus.io.
Selon les scientifiques, cet outil peut être très utile pour caractériser la diversité planétaire de tous les virus existants, permettant d’anticiper d’éventuelles nouvelles pandémies.
L’équipe qui a réalisé ce travail comprend, entre autres, des chercheurs de l’IBMCP (Espagne), de l’Institut d’études théoriques de Heidelberg et de l’Institut Max Planck de biologie (Allemagne), de l’Institut Pasteur (France) et de l’Université de Californie (États-Unis États).
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